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Por fin me he metido para contratar mi hosting y dominio, cuando me he encontrado una nueva duda... servidor... windows o linux?

existen diferencias entre uno y otro o básicamente será lo mismo elegir uno que el otro?

esto tiene algo que ver con si yo uso en mi ordenador windows u otro sistema operativo o no tiene nada que ver?

Por lo general los servidores con Windows soportan las tecnologias ASP (que te sirven para crear páginas dinámicas), en un servidor Linux podes lograr lo mismo usando PHP. Asi que si necesitas usar si o si ASP vas a tener que contratar un server Windows, sino no.
Y es totalmente indistinto del sistema operativo que corres en tu PC, para que te des una idea, los servers de Megawan.com.ar corren bajo Linux y el % 95 de nuestros usuarios utilizan Windows.

Utiliza solo windows si quieres programar en ASP, como dice Megawan, si no elige Linux que es más estable y seguro ante los hackers, además de ofrecer más detalles.